早在2006年三、四月份，农业部组织的对全国18个省的200多个县进行的“建设社会主义新农村百村调研”考察活动中发现， 详细内容请看下文浅谈目前新农村建设中存在问题思考。
1.管理人才缺失严重
目前大部分地区村级班子成员普遍年龄偏大，知识老化，难以担当新农村建设的重任。他们是靠经验做事，靠威望“揽才”，靠资历管理。他们文化层次低，见识世面少，技术能力差，把控全局难。因此在一些问题的处理上难免出现前做后拆、现做现拆、反复建设、重复建设、顾此失彼、避重就轻、得过且过、就事论事等情况。而那些有头脑的“壮劳力”大都外出打工去了。
一些地方把新农村建设片面地理解成“抓项目”，因此市县各职能部门、乡镇都排队进省、进京，力争获得政策性项目资金支持。这给人一个明显的感受就是一些县乡干部把建设新农村——这一农村面临的全面发展机遇片面地理解为“要钱”的机遇。部分农民存在“等、靠、要"思想比较严重，认为新农村建设是上面拨的款，所有的建设项目资金都是上面扶持安排的，自觉主动地参与性不高。有人还以为修了几条村路，盖了几幢新房，清理了房前屋后的垃圾就是新农村建设，忽略了生产发展和乡风文明建设。不难看出，有些地方存在严重的“项目依赖症”和“资金依赖症”，尤其是经济欠发达地方，这是对新农村建设认识上的一个误解。
少数县乡干部头脑发热，热衷于立招牌，把新农村建设当作是自己政治上升迁的大好机遇，全然不顾实际情况和农民意愿，实施“达标工程”，诸如学校要达标、住房要达标、道路要达标、环保要达标、电视要达标、通信要达标……等等。为了实现那些“达标工程”，大多地方是以牺牲农民土地为代价的。当然这里并不是说达标不对，而是说有些地方的做法太过头，脱离实际。
2005年国民经济和社会发展统计公报显示，全国净减少耕地36.2万公顷，全国耕地面积仅剩约12200万公顷。国土资源部对16个城市进行卫星遥感监测发现，违法用地宗数占新增建设用地总数的近60%，面积占近一半，个别地方甚至高达90%，违法乱占耕地建房的事情极其严重。
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