有部分财产损失客观上很难获得税法要求的外部证据，获得批准税前扣除的比例较小，例如对核销的部分银行卡透支损失难以取得法院对债务人的死亡或破产证明等法律文件，基本上无法得到税前扣除批准。(2)呆账损失的认定问题。现行税制偏重于对法律程序上的要求，大量确实无法收回但法律手续达不到税法要求的呆账损失无法在税前扣除，如商业银行出于资产保全考虑部分呆账损失核销时仅取得法院的中止裁定，按财政部的规定符合呆账损失条件，但按《金融企业呆账损失税前扣除管理办法》的要求必须取得终结裁定后才能税前扣除。
(二)税收政策公平性
内外有别，外资银行享受超国民待遇。
(1)企业所得税。目前，内资银行和外资银行分别适用《中华人民共和国企业所得税暂行条例》和《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法》。两者在税前扣除项目、税收优惠方面存在较大差异，外资银行享有比内资银行更优惠的税收待遇。内外资银行税前扣除项目税收政策差异见表2。此外，为吸引外资，我国对外资企业在多环节、多层次规定了大面积的税收优惠。这些优惠同样适用于外资银行，而内资银行却没有享受类似税收优惠。在改革开放初期给予外资银行比较优惠的税收待遇，对于吸引外资，活跃我国金融市场，通过外部竞争压力促进内资银行经营管理水平提高和业绩改善都起到了重要的作用。但是，现在我国已经是世界第三大经济体，外资银行更多地看重我国庞大市场蕴藏的金融服务机会，再给予外资银行过多的税收优惠并不能对其起到更有效的激励作用，相反会使内资银行面临不公平的竞争环境。
(2)营业税。现行税制下内外资银行贷款业务的营业税政策是一致的，即对一般性贷款按利息收入全额征税，对外汇转贷款按利差征税。但这样的规定会由于内外资银行的贷款业务资金来源不同导致税负不公。由于外资银行总部一般在境外，在我国境内的基本上都是其分支机构，完全可以通过从境外机构拆借资金向我国境内发放贷款的方式，利用转贷业务按利差征税的规定降低营业税税负;同时以内部转移价格方式调节利润，降低所得税支出。而我国内资银行则很难通过这种方式降低税负，原因是虽然可以通过转贷资金降低营业税，但同时会由于转贷资金利率高于吸收境内存款利率，导致所得税前利润减少较多，从而抵消营业税减少带来的好处，甚至从总体上会减少税后利润。 2.行业有别，部分行业或企业享有税收优势。
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