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在托马斯·阿奎那的思想中，神学思想的核心--洁仰与哲学的思想核心—理性不可避免的会发生碰撞，产生火花。他很少被迫屈从来自教会权威方面的反哲学的倾向。作为一个基督徒，他直接采用哲学，因为当时哲学己是所有神学学者必须具备的知识.虽然托马斯·阿奎那把亚里士多德哲学奉为自然真理的最完善表达，并把它看作是最符合基督教真理的哲学，但通过在内容和精神上对这一哲学加以改造，托马斯·阿奎那才足以能使它与基督教的信仰协调起来。。以下将据托马斯·阿奎那的具体思想来分析其体系中的信仰与理性
一、本体论
传统本体论的主题是存在本身，或作为存在的存在，托马斯·阿奎那对于存在的分析具有哲学与神学的多层含义。
托马斯·阿奎那采纳了亚里士多德的潜能与实现，质料与形式，四因论等原理，却独立地发展出一套存在与本质的学说。世界是实体的综合，一起实体处于生灭变化之中。质料是潜能，形式是实现，变化是潜能的实现。万物不能自存，亦不能自行变化，变化来自外力。一个实体收到正在实现中的其他实体的作用，本身潜能才能实现为新的实体，即变化。本质与存在的关系犹如潜能与实现。本质是一实体所以为该实体的本性，包括质料和形式。从而任何实体的存在与本质皆为可分，其本质中不包括存在;存在是实现，而不是一种状态，是一切所作的实现。就是说存在的实现是一切现实性食物按其本性充分地实现了它的潜能。存在既不是状态，也不是性质或属性:存在的这种性质，决定了逻辑意义上存在先于本质。在神学上，他的这个命题深化了《圣经》中上帝的名。将本质与存在的可分性绝对化。而且以一种新的形而上学之普遍性理论来深化基督教信仰的理解。《圣经》中上帝的名是“存在”。
二、自由意志
根据奥古斯丁《忏悔录》中的回忆，早期他曾崇拜西塞罗，悉心研究柏拉图和亚里士多德的哲学，陷入怀疑主义而难以自拔，终于在386年板依了基督教.。在奥古斯丁的思想转变过程中，恶的问题是一个关键问题，他为了解释上帝与恶的关系，引入了自由意志论:恶是人的自由意志的选择.
而托马斯.阿奎那也对自由意志进行了阐述.他认为意志是“理性的欲望”，意向是理性运作的行为。如果内在的原理不仅是自然运动，而且是有目的之运动，则必须对该目的有一定。认识。意向性行为以理性知识为前提，人类对目的物有独立的认识，并将目的与手段联系起来加以完整理解，此为理性动物所特有。主体的自我意志在人类中属于第一原理。而上帝是世界包括人类意志的终极原理。上帝推动人类意志的方式是，创造人类及其意志，创造和提供感官欲望的对象物，导致人类体内的变化乃至推动人类意志本身。。并且认为理性永远先于意志。
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