水利工程施工管理系统组成十分复杂，影响因素多变。水利工程施工项目管理的目标是组织高效益的施工，使生产要素优化组合、合理配置，保证施工生产的均衡性，以下是浅谈对水利施工管理控制措施的几点思考。
利用现代化的管理技术和手段，以实现生产出合格工程产品和使企业获得良好的综合效益。建筑施工项目管理是为使项目实现所要求的质量、所规定的时限、所批准的费用预算所进行的全过程、全方位的规划、组织、控制与协调，是对生产要素中的劳动力、材料、机械设备、技术和资金等的强化管理和合理化运作使用，成本控制主要是进度控制、质量控制、费用控制，同时还有合同管理、信息管理和组织协调等。
一、水利工程施工管理中存在的主要问题
1、体制问题。特别是大中型国有企业中项目管理的贵、权、利未能到位，项目管理责任制还未完善，约束了项目经理工作的开展，大大限制了项目部管理职能的履行，使许多项目的管理与项目管理科学的要求相距甚远。
2、人员素质问题。由于受历史管理体制的影响，大部分现场施工项目管理人员综合管理素质偏低，过分依赖于公司，依赖于企业各职能部门，有些项目管理人员有良好的技术素养但缺乏对成本、进度、质量、综合管理的控制能力，有些项目管理人员对管理在行但又对现场缺乏必要的经验与技术，或者对财务知识缺乏。因此项目管理人员素质问题约束了项目管理的发展。
3、目标管理问题。目标管理不严肃，主要表现如：成本管理不落实、控制不到位;质量管理重结果轻过程、或重形式轻本质;安全管理凭经验、少科学、缺系统管理;进度工期控制更是合同约定是一套、现场施工又一套，随意性大而缺乏严谨的计划、缺乏系统的控制手段，签订合同时对工期的承诺为迎合业主的要求而不管科学性，实施时缺乏有效措施而放任自流。
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