内部审计对基建工程结算审计风险的控制对审计风险的控制也成为工程结算审计工作中必不可少的重要环节。
目前，按照国家有关部门规定，超出一定金额的基建工程，其结算审计要委托给专业社会中介机构进行。由于基建工程具有投资规模大、建设周期长、牵涉到的利益主体多等特点，因而工程结算审计工作和其他审计工作相比，相对专业性更强、难度更大。在工程结算审计过程中，由于种种原因，审计过程中会出现不能发现存在的问题而出具不恰当审计意见的情况，即审计风险。因此，对审计风险的控制也成为工程结算审计工作中必不可少的重要环节。
1 工程结算审计风险的来源
1.1中介机构审计人员的道德风险
在工程结算审计过程中，中介机构审计人员不可避免地要和工程承包方发生接触。个别工程承包单位为了自己的私利，往往会在审计之外下功夫，通过私下给审计人员各种经济利益等不正当行为，实现对审计原则的“购买”，致使个别审计工作人员违反审计职业道德，借用自己手中的权力为承包单位谋取不正当利益。
1.2 审计人员专业能力不足的风险
工程结算审计的内容既涉及到工程施工技术方面的内容，又涉及到工程造价及财务决算等方面的内容，所涵盖范围十分广泛。审计人员不仅要具备一般的审计知识和经验，熟悉工程造价方面的业务，还要对建筑物结构、建筑材料性能、施工技术方案等都有一定的了解，要熟悉基本建设项目的整个运做流程。以上某一方面知识和能力有欠缺，都会对审计质量造成影响。在实际工作中，经常会出现由于审计人员专业能力不足的原因，造成审计专业判断运用失当，致使应该发现的问题没有被发现，从而对最后的审计结果造成影响。
1.3 提供审计资料不足的风险
恰当的审计结论应以充分的审计证据为基础，各种信息和资料是审计证据的直接表现形式。基建工程结算审计需要收集的信息和资料非常广泛和复杂，这些信息和资料包括工程招投标文件、设计图纸、工程变更、隐蔽工程验收记录、材料价格签证单、施工组织设计、各种相关会议记录、监理及施工日志、主管部门发布的政策文件、市场价格信息等等。而在实际工作中 ，相关利益方往往会选择性的提供对自己有利的资料，不提供对自己不利的资料。如果这些信息资料不真实或不完整，以此为基础做出的审计结论也会是不恰当的，由此必然带来审计风险。
1.4 存在串通舞弊行为的风险
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