自1999年开始，针对县级以下党政领导干部全国县级审计机关正在进行任期经济责任审计，这对于合理、科学选拔使用干部，促进领导干部勤政廉政， 详细内容请看下文经济责任审计存在的问题。
一、县级经济责任审计中存在的主要问题
一是审计工作的时间上存在问题。经济责任审计一般应当遵循“先审后离”的原则。但在近年来的实际操作中，大部分项目是先离任后审计，存在为了得到评价和为了任用干部而委托审计部门走形式的现象。离任者已离岗，接任者也已经到位任职，有的离任者人走了好久才进行离任审计，时过境迁。这种先离任后审计，审计监督滞后的现象，从一定程度上讲，经济责任审计已经失去了考核、监督的意义，监督上的滞后，导致干部考察与使用“两张皮”。
二是审计项目计划上存在问题。当前很多提拔调任的领导干部，多数都是经过组织严格考核，公示通过后任命的。这样，也往往使审计人员认为经济责任审计工作虽然很重要，但也只是走过场而已，在这种心理前提下进行的经济责任审计只能是流于形式，难以发挥经济责任审计的作用。
三是审计对象上存在问题。不能完全做到在任期内相关领导干部都已应审尽审，不能完全体现公平;多数审计项目是临时上阵，总体审计的质量不能保证;大部分员工对领导干部公开赞扬的多，而客观批评的却很少，促使很多领导产生“审计走过场”的心理定势，因此很难体现经济责任的权威性。
四是审计内容上存在问题。看重财务数据，忽视理性分析;重问题，轻责任。看重问题罗列，忽视责任划分。审计内容重点不突出，审计质量难以提高，使任期经济责任审计雷同于常规审计，影响了审计效果。
五是审计方法上存在问题。目前主要采取了查阅、设举报箱、公告审计、座谈等方法。账外审计方法上下功夫不够，使审计的问题难以查深查透，审计质量无法提高。
六是审计成果利用上存在问题。通过几年来经济责任审计工作的开展，经济责任审计工作逐步成为强化干部监督约束机制的一项重要举措。但是，在进一步加大经济责任审计结果的运用力度方面，尤其是在使经济责任审计结果在领导干部的选拔任用上发挥重要作用方面，还存在很多问题。首先，审计结果的利用率不高，审计结果报告滞后于组织部门选拔、任用干部，目前最为普遍的现象就是用人和审计严重脱节。其次，缺乏制度保障。经济责任审计主要涉及组织人事、纪检监察等各个部门，由于没有严格规范的保障制度，使审计结果在运用时大打折扣。最后，审计结果运用的衡量标准不一致。由于审计结果运用中没有统一的衡量标准，导致有些审计结果很难适应当前改革用人机制和加强干部管理的需要。
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