针对高校审计而言，国家审计应重点关注高校运行和管理中的薄弱环节和风险点，关注高校运行的效率和效益问题，关注高校在人才培养、科学研究和社会服务等方面对国家、社会做出的贡献。
审计作为国家治理的重要组成部分，在整个国家治理中起着预防、揭示和抵御等免疫系统的作用,承担着对国家治理的执行系统实施监督和约束的职责，是国家利益的“捍卫者”、公共资金的的“守护者”和反腐败的“利剑”。针对高校审计而言，国家审计应重点关注高校运行和管理中的薄弱环节和风险点，关注高校运行的效率和效益问题，关注高校在人才培养、科学研究和社会服务等方面对国家、社会做出的贡献。具体来讲，应重点关注以下内容:
一、关注党和国家关于高教工作方针政策和决策部署的贯彻执行情况。要关注高校贯彻落实《教育法》、《高等教育法》的情况;关注贯彻落实党中央、国务院部署的重大教育方针和高校改革发展、国家教育收费、家庭经济困难学生资助、国家奖学金和国家助学金、合作办学等政策落实情况;关注高校发展过程中影响高等教育事业发展的体制机制方面存在的问题。国家审计作为保障国家经济社会健康运行的一个“免疫系统”，对于制约和影响高等教育事业健康发展的体制机制性问题进行揭示和反映是高校审计的重要内容。对于这些问题要进行深入的分析和研究，提出针对性的审计建议，从而促进高校主管部门和高校不断加强管理，调整思路，堵塞漏洞，健全制度。
二、关注学校基本建设项目管理情况。一是要关注高校是否制定了基本建设管理制度，是否建立了重大基本建设项目的评估机制、专家咨询、会议讨论和集体决策等制度，是否按规定的建设程序报批和执行;二是要关注建设项目的勘察、设计、施工、监理及主要材料设备采购等，是否严格执行招标投标法和政府采购法等有关规定;三是要关注基建竣工后是否对基建项目进行了竣工决算审计,及时办理竣工决算并结转固定资产;四是要关注建设项目资金是否专款专用，按规定标准开支，按工程进度合同约定拨款，是否存在改变资金使用性质的问题等。
三、关注科研项目管理使用情况和科研资金使用效益。要重点关注科研经费是否纳入高校财务部门统一管理、专款专用，是否存在科技经费用于提高人员津贴补贴、重复购置设备以及虚列支出，胡花乱支，使用内容、金额与实际不符的假发票套取资金等问题;关注揭示科研项目结题不结账，违反规定多提人工费用、管理费，科研项目重复申报等问题，审查科研成果推广应用和转化转让情况，以及其中是否存在国有资产流失等问题。
四、关注学校资产管理和处置情况。关注是否存在资产不入账、资产闲置、损失浪费等问题;是否存在挪用财政资金委托理财、购买股票、为获取高额利息在非银行金融机构存款形成损失等问题;审查高校是否制定了有关对外投资(包括以学校知识产权投资)和资产处置的管理制度，对外投资和资产处置决策是否经过科学论证和民主决策程序，是否按照规定报财政部门批准或备案。重点关注对外投资是否建立监管机制并发挥作用，投资收益的分配使用是否符合规定;土地等资产处置是否经过评估，是否存在弄虚作假，是否存在国有资产流失的问题。揭示和反映校办企业管理混乱，监管不到位，控制力弱，学校逐渐退出赢利的校办企业，向民营企业和个人输送利益等严重违法违规问题。
五是要关注高校兴办企业及对外投资情况。高校发展校办产业是充分发挥高等学校人才密集、学科齐全、设备先进、信息量大等综合优势，促进科学技术转化为现实生产力的重要途径，它对于教学、科研和生产相结合，理论与实践相结合，加速科技成果转化，增加高校收入，提高教育质量，改善办学条件等都具有重要的作用。但高校与校办企业之间应该建立明晰的产权关系，产权的划分，以高校投入的资本为依据：股份制企业根据高校持股份额确定;合资企业按高校出资的比例划分;全部由高校投资的企业，其产权完全归高校所有。在高校审计时，一般不对校办企业的资产、负债、损益和财务收支情况进行全面审计，主要应以高校与校办企业之间的产权关系、财务关系及高校发展校办企业的目的和投资风险为核心来开展工作。重点关注高校对校办企业的货币投入情况，必须使用自有资金，不得挪用事业经费和代管经费;非货币投入包括房屋、设备、材料等有形资产和技术、专利权、著作权、商标权等无形资产，要投入校办企业的有形资产和无形资产是否经过了合理评估，正确反映其价值;有无违规为校办企业作经济担保;校办企业使用学校人力、财力、技术成果、仪器设备、房屋场地、水电通信等，是否合理计价，向高校交费;是否按规定向高校上缴利润或分成;企业的管理现状和发展前景如何，高校投资有无重大风险;高校投资回报及对教学科研的支持程度等等。当然，如果时间和人力许可，或发现校办企业有重大违法违纪问题，也可以按企业审计的内容和标准对校办企业进行全面深入的审计。
六是要关注高校对外合作办学、办班情况。近年来，公办大学与私立学校和单位合作举办一些二级学院或联合办班，审计中应关注在合作办学时作为国有方的学校投入的资金、无形资产等是否得到了足额确认，有无低价入股的情况，合作办学过程中收费是否合法，所取得收益的分配是否合理，是否存在一些办班收入权益得不到确认，办班取得收入不入财务大账，私设“小金库”，是否存在学校应享有的办学收益被侵占，其中是否存在国有资产流失等问题。同时，还要关注校企合作情况。校企合作是高职院校谋求自身发展、实现与市场接轨、有针对性地为企业培养一线实用型技术人才的重要举措。审计人员应从合作模式、收费依据、资金管理、办学效果、存在问题等方面进行关注，并为促进完善校企合作模式，提高合作效果提供建设性意见和建议。
七是要关注高校收费及管理情况。关注高校在国家规定的收费项目之外，是否存在无依据收费、扩大范围收费的违规收费问题，重点关注在招生、新生入学、在校学习考试、后勤服务、毕业离校等环节有无以各种名义向学生收取国家规定以外的其他费用，如“转专业费”、“ 赞助费”、“扩招费”、“专升本费”、“补考费”、“重修费”、“答辨费”、押金、保证金、各类证卡工本费等，以及以各种理由、名义向学生收取捐款，或违反自愿原则强制收取服务性费用等等。有无隐瞒、截留、转移、坐支各项收费资金问题。特别关注学校收取的费用不入账、不上缴财政专户、私设“小金库”等违法违规问题。同时，还应高度关注学生教材折扣款应退未退的问题。
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