一、税收政策对企业自主创新的作用
促进自主创新的税收政策是我国政府根据科技强国和自主创新的需要、在特定时间和特定领域内对特定对象所制定的税收附加规定和特别规定。其主要通过以下几个方面产生积极作用：
1.财税政策对企业的自主创新具有导向作用
政府根据当前围绕自主创新的经济政策、产业政策和科技政策等的需要，有针对性地制定配套的财税政策，以体现政府对自主创新、建设创新型国家，科技强国的发展战略的支持，从而影响市场机制配置资源的过程，促使经济资源向政府合意的有利于自主创新的方向流动。
2.积极的财税政策有利于降低企业自主创新的风险
自主创新活动资金需求规模巨大，回收周期长，不确定性强，企业所面临的这种高风险虽然在一定程度上可以通过企业自身的技术积累和财务手段来规避，但是，企业也迫切需要政府采取相应的政策措施来降低风险，激励企业创新。政府采取积极的财税政策，可以降低企业占用资金和赢利方面的风险;减少企业自主创新活动研发投入方面的风险，增强企业抵御自主创新风险的能力。
3.财税政策会影响企业自主创新的成本和收益
从本质上看，积极的财税政策是政府将一部分应得的税收收入让渡给了企业。从企业的角度来看，则表现为成本的节省和利润的增加。积极的财税政策在影响企业自主创新的成本和收益方面有非常重要的作用，尤其是对于高科技领域的中小企业来说，积极的财税政策在降低其自主创新风险的同时，为其积累资本，迅速发展壮大创造了良好的条件。
4.积极的财税政策可以有效促进自主创新成果的应用和扩散
自主创新成果只有进入了实际的应用阶段，形成了产业化，才能真正促进经济的发展，而积极的财税政策在这方面可以发挥重要作用。而对科研机构和高等院校的科研成果制定相关的税收优惠措施，可以有效地促使自主创新成果向企业转移，促进新技术的扩散。
二、自主创新财税政策存在的问题 (一)财政支出政策方面
1.财政科技投入总体不足，投入结构不合理
近几年，我国的财政科技投入量增长比较快，但国家财政科技拨款占当年财政支出的比重在4%左右徘徊，尤其是基础研究在整个研究开发中的比重一直徘徊在5-6%的水平，而大多数国家的这一比重在 20%左右。由于基础研究耗资大、耗时长、见效慢，企业和个人难以或者不愿在这方面过多投入，但基础研究应该是财政科技投入的主要方向，我国现有财政资金用于支持公益性和战略性的基础研究和公共技术研发偏少，不利于国家长期科技竞争力的提高。
2.科技投入方式过于单一
虽然目前我国在科技资金投入方式上进行了一定的探索和尝试，但大部分资金投入仍以无偿投入为主。随着经济的不断发展，采用无偿补助的单一投入模式已不能满足自主创新投入需求，科技投入方式迫切需要改革和完善，从而发挥财政科技支出四两拨千斤的作用。
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