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随着国家公共财政体制重大改革与高等教育迅猛发展，如何做好运用新制度管理财务核算工作，才能更好地发挥其作用，逐渐完善财务核算的方法和工作实践，从而建立一整套比较完善、安全和稳定的财务核算制度。在会计核算基础、会计核算内容和方法、要素结构等方面进行不同程度的调整，更好地提高财务核算的技术化、知识化和信息化。
我国的财务核算工作起步比较晚，传统的财务核算是指核算凭证工作、会计账簿和会计报表等其他会计核算专用资料，是记录和反映各学校经济业务的重要史料和证据。学校实行管理和信息开发的财务核算以后，不断加强自身建设和不断研究财务核算管理工作，逐渐完善财务核算赋予了许多新的特点。
一、现行财务核算工作存在的问题
第一，财务核算工作模式不尽科学。现行一般单位（公司、学校）都设置财务核算中心机构，实行自体一级核算模式，来处理各单位（公司、学校）账务管理，教学、科研、后勤产业等方面的财务核算工作，同时要求核算工作人员能独立和全面地完善审核业务。在具体工作中，做凭证工作，工作量还是比较大的，每一张原始凭证都要做成记账凭证，财政支付的要求也越来越规范化、明细化，学校对外交流、培训、合作办学的项目在不断增加，这样要求做账的科目和内容就会增加很多，对应的科目都必须在对应项目中支，使得工作量增加了不少。但是每个月财务核算部门能按时、准确地将票据做成记账凭证，生成报表，能满足校内各部门对经费核算、财务信息需要的要求；保证会计信息的可比性和统一性；充分考虑在接受各级各类部门检查中、数据统计过程中的可操作性和高效性，并认真核对，使现金、银行和财政支付的余额一致，做到做账准确，账实相符。
第二，核算服务与核算监督职能定位模糊。随着市场经济规模的快速发展，多渠道来源科研经费与资金使核算经费也呈现出多元化模式。原有财务数据存在口径不一致等问题，在财务清算的基础上和核算过程中，必将产生各种各样的难以预计的矛盾，如核算人员拒绝支付与费用支持请求会经常发生冲突，结合数据形成的历史原因认真分析，按新制度将数据尽可能合理地并入新设置的适当的财务核算中。合理、妥善的处理和化解核算服务是工作关键点。在广大的核算人员心中是监督严一点，还是核算服务好一点都很难准确的定位。
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