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同行评议的英文表述为Pee：Review。“Peer”指同资格、同能力的人，“Review”意即鉴定性地或审慎地审阅或检查。同行评议制度是一项历史悠久的科研评价机制，被广泛运用于成果评价、职称评审、项目资助、论文发表、机构评估等科研评价活动中，在遴选优秀成果、优化资源配置、把握科研方向等方面取得显著的成效，对推动科研事业、持续、健康发展做出杰出的贡献，是世界科学界普遍认同的一种评价制度。但是，同行评议机制并非无懈可击。随着应用的推广和深入，其自身的缺陷越来越凸现，伴随着赞誉的同时，评议结果和质量也遭到学术界质疑。
同行评议作为一个评价机制.其本质是评议主体自主地对评价客体所作出价值判断。同行评议虽能充分发挥科学研究自主性的优势，但也存在着主观臆断的危险。同行评议作为一种科学评价方法被引入我国时间不长，尚处于初始发展阶段，在运行中存在很多问题。究其根源，主要集中于评议专家和评议机制这两个方面。
一、评议专家方面
评议专家作为评议主体，所得出的评议结论是对评议对象作出价值判断，体现着评价质量。然而.由于以下几个因素的影响，使得评议专家的行为失范，同行评议失去效力。
1、主观因素。由于评议专家的兴趣爱好、意志品质、价值观念、思维方式的主观因素的差异，即使是相同的评议对象。对其的学术价值、实践意义、创新点、研究方法、研究目标、可行性评估都会存在分歧。此外，评议专家对评议标准的理解程度和把握尺度也容易受到主观因素的影响，使得专家对不同的评议对象采用不一致的标准和尺度，造成评议的不公正。
2、知识结构。评议专家对评价对象作出科学评估的基础在于自身的知识结构和研究经验。根据知识结构的不同，同行专家可分为大同行和小同行。与评议对象在研究领域、研究对象、研究问题较为一致或相近的专家属于小同行专家;与评议对象虽然属于同一大学科，但在研究领域、研究对象、研究问题没有相互联系的专家属于大同行专家。小同行专家由于知识结构接近评议对象，理解和认识到评议对象的创新内容及研究意义和成果的价值，能对评议对象作出客观的评价：大同行专家由于知识结构的缺陷，可能对评议对象不能作出客观的评价。
3、研究范式。美国科学哲学家库恩(T·S·Kuhn)在《科学革命的结构》一书中，提出了“范式”(Paradigm)概念，并把范式看作科学共同体所认可的一系列规范，既包括共同采用的符号，共同认可的理论、概念、方法规则，以及具体的解题范例，也包括共同的信念和其它的心理因素。在研究实践过程中形成的研究范式是稳固的，不易转换的，且旧范式与新范式之间具有不可通约性。因此，如果运用旧的范式评价新的思想和观点及新的理论.将会影响和干扰评价，不能客观评价新思想、新观点、新理论的价值，甚至扼杀新思想和新观念。科学发展史上不乏这样的例子。
4、马太效应。美国学者罗伯特·莫顿对“马太效应”作出了解释：“对已有相当声誉的科学家做出的贡献给予的荣誉越来越多.而对于那些还没有出名的科学家则不肯承认他们的成绩”。马太效应容易导致法国科学院“四十一席位”现象的产生，使名人们在同行评议的竞争中占居优势。根据同行评议的规则，评议的结果应取决于评议对象的质量，跟被评议人无关。但是，由于马太效应的影响，知名科学家的项目或成果易被评议同行认同，水平普遍被拔高，而没有知名度的科学家的项目和成果的质量则容易被低估，甚至被忽视。同时，来源于著名院校或知名学科点的成果和项目也受益于马太效应。
5、人际关系。中国是人情大国，人情网相互交织，庞大且稳固。评议专家又富有“人情味”，在评议过程中要照顾到师生、同学、亲戚、朋友等关系，“重人情、拉关系、本位主义”等现象较为严重。人情和关系干扰评议专家客观判断，使得以公平公正为原则的同行评议沦落成讲人情，论关系的丑剧，扭曲了学术评价的本质。
6、利益关系。同行评议有效的一个重要前提是所有评议专家都必须大公无私的。专家并非“圣贤”，易受到利益的驱使。专家不仅代表个人利益，还代表集体利益、单位利益。专家的利益不仅包括：经济利益，还包括社会利益、学科利益等，各种利益关系相互交织、错综复杂。一些专家未能坚持评议原则，只顾利益关系自设评议标准。对于利益一致者，专家不自觉地降低评议标准，抬高其参评的项目和成果的质量;对于利益冲突者，专家会刻意拔高评议标准，压低其参评的项目和成果的水平。由于利益关系的影响，使得同行评议成了结党营私、瓜分利益的黑色交易。
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