需要首先指出，本文所说的“科学”，既是指各种具体的自然科学理论，如哥白尼的天体理论、牛顿的力学理论等，也是指由各个具体分支所组成的自然学科整体;另外，所谓的“意识形态(ideology)”则是指社会上普遍存在的信念和观念——尽管持有者对此未必具有清醒的自我意识，对于它的接受也未必具有合理的基础，但却仍然对于人们的行为，特别是自然观、思维方式与价值观等产生了十分重要的影响。
依据上述理解，对于作为“意识形态的科学”我们就需要与具体的科学理论作出明确的区分，因为后者的接受往往依赖于理性的辩护，包括逻辑论证与经验检验;作为意识形态的科学却未必具有这样的基础，而主要是一种不自觉的行为，但它又往往被看成是无可怀疑的，从而表现出强烈的排它性，更谈不上必要的反思与批判。当然，作为问题的另一方面，在这两者之间也存在重要的联系，或者说，事实上有一个转化的过程。这一转化就是本文主要关注的问题。另外，作为必要的前提，我们将首先考察这样一个问题：科学在当代是否已经成为了一种意识形态?
一、作为意识形态的科学：机械自然观与“科学主义”
可以以牛顿力学为例进一步说明在具体的科学理论与作为意识形态的科学之间所存在的重要区别。具体地说，正如人们所普遍认识到的，牛顿力学的一个重要影响在于直接导致了机械自然观的盛行，例如由“自然界可以被看成是一个精确的时钟”这一隐喻(metaphor)就可清楚地看出。又如林德宏先生所指出的，我们还可进一步论及牛顿力学对于人类思维方式与价值观念的重要影响：“牛顿力学认为外力是克服物体惯性的动力，力的概念来源于人的体力。牛顿力学推崇力的作用，实际上是推崇人力的作用，这是蕴含在牛顿力学中的价值观。牛顿力学的广泛应用，就自然形成人是自然征服者的观念”。
除去上述的“认识状态”之不同外，在科学理论与作为意识形态的科学之间还存在如下的区别：对社会意识形态的具体分析，我们主要是以一般民众、而非专业的科学工作者作为直接的研究对象;另外，我们所主要关注的也不是如何去从事科学研究这样一个问题，而主要是科学理论的“文化价值”，例如牛顿的力学理论究竟对于一般民众的自然观、思维方式与价值观等产生了什么样的影响。
通过对牛顿力学(更为一般地说，就是经典物理学)与爱因斯坦的相对论对于人们基本自然观的影响做一简单的比较，可以更清楚地说明问题。正如着名科学哲学家波普尔所指出的，这两者在很大程度上可以看成是提供了两个完全不同的隐喻：钟和云。钟代表了规则的、有序的和可预测的系统;云表示不规则、无序而难以预测的系统。进而，郭贵春先生的以下论述更为清楚地表明了这种“隐喻的变化”对于人们的基本自然观、乃至新的认识活动所造成的重大影响：“从牛顿所创立的经典物理学到爱因斯坦的相对论理论的知识进化，本质上是对于世界本质结构理解的隐喻进化，即从‘世界是机械的’到‘世界是数学的’这样一种基础隐喻的概念性转换的发展。……科学隐喻不断地改造着语言系统的意义内容与整体形态，同时这种改造不断被储存入认知主体的思维与知识结构，形成对于科学概念活动的建构、改造、重塑与推动，也就是说，科学隐喻所引起的科学概念是逐渐地、然而深刻地影响到人类对于世界的理解方式的”。
由上述实例可以引出这样的结论：作为意识形态的科学主要是作为“隐喻”发挥作用的，或者说，科学向意识形态的转变在很大程度上可以看成是由具体的理论逐步“凝聚”成了一种“隐喻”——由于后者相对于一般民众而言显然较易接受，人们往往会自觉或不自觉地按照所说的隐喻进行思考与采取行动，这样，一种科学理论就逐渐演变成了一种社会意识形态。
当然，并非所有的科学理论都伴随有相应的隐喻，由科学理论派生出的隐喻也未必都能对一般民众的行为方式、包括自然观与思维方式等产生重要的影响，即真正成为一种社会意识形态——那么，有必要对意识形态的主要特性作出进一步的分析。
着名科学哲学家费耶阿本德曾明确指出了意识形态的如下一些特征，并通过科学与宗教的类比指出科学在现今事实上已经成为了一种意识形态(或者说，一种“科学宗教”)：第一，接受的盲目性。他指出：“人们接受科学家的宇宙论就像人们曾经接受主教和红衣主教的宇宙论那样是不加批判的”。而科学更被赋予了绝对的真理性。第二，绝对的排它性。在费氏看来，科学在这一方面也与宗教有很大的类似：“科学家和所有理性主义者的行为很像在他们之前的罗马教庭的行为：他们谴责不同寻常的离奇观点是异教徒的迷信，……给了他们权力，他们就会理所当然地压制异教思想，并以他们自己的‘开明’哲学取而代之”。这也就是说，除科学外，其它的一切都是谬论。
费氏还进一步指出，就科学的排它性而言我们也可看到明显的不合理性：“理性主义者不能合理地把神话和古代的传统从民主政体的基本结构中排斥出去。然而，他们却用许多他们认为是论证并用论证的形式予以表述的诡辩、强制手段和独断见解来排斥它们”;尤其是，“诉诸于真理和合理性是为了产生修辞效果而没有客观的内容”。
由此可见，按照费耶阿本德的观点，不仅科学在当代已经蜕变成了一种意识形态，我们更要对此持强烈的批判态度。这也是所谓的“后现代主义者”(或者说，“科学的社会一文化批判者”)的一个普遍立场，他们认为科学在当前已经演变成了一种社会霸权，即所谓的“唯科学主义”，我们对此需要持强烈的批判态度。例如，以下就是科学知识社会学(SSK)爱丁堡学派的主要代表人物之一英国学者巴恩斯在对意识形态作出总结时所采取的基本立场：第一，意识形态必须履行某种社会功能，或者与某个社会群体的利益相一致。第二，这些主张必定要么是假的、不完备的或理由不充分的，要么是以某种其他方式与理性或实在不相符的。第三，综合而言。意识形态是被社会因素扭曲或受到它们有害影响的思想。
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