为满足国家财政预算编制和财政决算的需要，我国高校实行事业会计与基建会计相分离的会计核算与监督模式。 详细内容请看下文高校事业会计与基建会计一体化。
从当前高校会计理论和实践看，这种会计核算分离模式不太适应当前会计发展的需要。本文就高校事业会计与基建会计一体化问题进行初探。
第一，高校事业会计与基建会计分离造成高校会计主体不完整。由于计划经济时期实行的企事业单位业务会计与基建会计分开核算的延续以及国家预算在高校会计的延伸，高校实行事业会计与基建会计分离的政策，将高校这一完整的会计主体人为地划分为高校事业单位会计和高校基本建设单位会计两个会计主体。从而造成：一方面事业财务不反映财政对学校的基建投入，只按有关部门批复的自筹基建投资计划转出自筹基建经费，在项目竣工交付使用资产前不清楚工程项目资金动态流转情况，缺乏有效监管。另一方面，基建财务按照其独立的会计财务体系和与事业财务完全不同的会计处理方法完成资金收付过程。造成基建项目已完工，而财务账上没有反映，使得账面资产小于实际资产，造成账实不符的现象。两个会计主体的存在，使得会计机构有可能相互独立，各行其事，缺乏有效的会计信息反馈与沟通。不符合《事业单位会计准则》第4条“会计核算应当以事业单位自身发生的各项经济业务为对象，记录和反映事业单位自身的各项经济活动”这一基本前提。作为事业单位会计组成部分的高校会计也应以其自身发生的各项经济业务活动为核算和监督的对象，会计主体的经济活动不仅包括教学科研、学生管理、后勤服务等经济活动，同时也应包括教学科研活动的正常进行而开展的基本建设活动。
第二，高校事业会计与基建会计分离造成高校会计信息失真。高校事业单位会计主要提供高校教学科研等事业活动的会计信息，高校基建会计则主要提供高校基本建设活动的会计信息。高校基建会计核算独立于学校事业会计核算之外，财务报表不能全面反映学校的资产、负债和收支全貌。如要对学校的财务状况和财务成果有系统全面的了解，就需要把高校财务事业会计信息和基建会计信息合并。随着高等学校的发展，基建投资规模逐年扩大，筹资渠道也逐渐多元化。一些项目的资金要由学校利用银行贷款得以解决，银行贷款在基建会计中核算，而贷款及利息的偿还由学校财务负责，在学校会计中核算，这样一方面造成基建项目成本的核算不准确，固定资产价值偏低;另一方面造成学校负债状况不实，单独提供哪一套财务报表都无法反映学校的收支、负债全貌，导致信息失真，不利于财务风险分析。随着负责机制的引入，高校赤字预算成为必然。“借入款项”与“结转自筹基建”的增加，巨额的支出使得学校历年积累的“事业基金”不足以弥补，形成的缺口部分按现行的高校财务制度规定，无法在资产负债表中列示，因为“事业基金”项不能为负数，就必然会再次造成会计信息失真。
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