会计档案管理办法对会计档案的内容、管理部门、归档、移交、查阅、保管期限及会计档案的销毁等内容均有明确规定，各单位必须遵守执行。
会计电算化系统会计档案管理制度全文如下：
单位的会计档案包括贮存在磁盘(软盘和硬盘)上的会计文件和会计凭证、会计帐簿、会计报表等书面形式的会计核算资料。
一、数据资料管理与保密
机内数据文件及其备份和作为会计档案资料打印输出的各种凭证、帐册、报表，应按有关财会制度使用、保管。
1、现金记帐凭证及日记帐的输出及保管。
现金收付业务要做到当日业务当日清。现金记帐凭证一律由专职会计人员手工做记帐凭证，审核无误后当日输入计算机并打印出现金日记帐页，审核后交现金出纳人员核对现金库存，相符后出纳员及主管负责人在帐页上盖章，按月编页码装订成册加盖封印，年终将各月现金日记帐顺序装订成册，加盖封印妥为保管。
2、银行记帐凭证、帐册的输出与保管。
银行记帐凭证分机制凭证和手编记帐凭证两种。有关财务人员必须及时把经审核无误的原始凭证或手编凭证，当日输入计算机并打印银行日记帐，以保证银行出纳当日业务当日清。银行帐页经出纳审核无误后，出纳和主管会计签字盖章，按日装订成册，年终将各月银行日记帐顺序装订成册，并加盖封印，妥为保管。
现金、银行记帐凭证可采取汇总的方式，装订成册，妥为保管。
3、转帐凭证的输入、输出与保管
转帐凭证包括手编凭证和机制凭证两种，有关会计人员应及时将审核无误的原始凭证或手工编制的记帐凭证，输入计算机。机制凭证在输入计算机后要打印输出，并与手编凭证同样装订成册，妥为保管。
4、科目汇总表、帐簿打印时间。
(1)现金、银行日记帐每天打印。
(2)银行余额调整表每月打印一次。
(3)总分类帐和各种明细分类帐每月打印一次。
(4)现金、银行存款、转帐记帐凭证的科目汇总表每本打印一次，并同该本记帐凭证一起装订。
(5)会计报表、计算表、分析表，按管理要求和时间打印输出，经有关财会人员审核无误后签字生效。
5、其他
由机器打印输出的会计档案发生缺损时，必须补充打印，并要求操作人员在打印输出的帐页上签字盖章，财务主管签字盖章认可。
二、数据备份管理
1、由于会计核算数据的重要性，必须经常进行备份工作。
2、在日常工作中，准备三套软盘循环使用，隔日进行备份，以避免意外和人为错误造成对工作的干扰。
3、需要做备份的包括系统设置文件、科目代码文件、期初余额文件、本月帐务文件、报表文件及其他核算子系统的数据文件。
4、机内凭证及总分类帐、明细分类帐、报表，应视同会计资料按月做两套软盘备份，交会计档案保管员分别放置在不同地方妥为保管。
三、会计档案管理
1、会计档案存档手续：打印输出的凭证、帐册、报表，必须有会计主管的签章才能存档保管。
2、为保证备份数据的安全，备份软盘必须贴上写保护标签，装入盘套，放进硬盒，存放在安全、洁净、防热、防潮、防磁的场所。
3、由打印输出的凭证、帐册、报表等书面形式的会计档案按《会计档案管理办法》规定的保管期限和管理办法管理。
4、随计算机配置而来的操作系统、各类应用程序软件以及购买的商品化会计核算系统软件，和以上软件的备份磁盘，作为会计档案保管。
5、各类会计档案的出借，均必须经过会计主管审批同意并签章，如果对备份磁盘的操作可能危及该备份磁盘的完整性，应制作该备份磁盘的复制件，使用复制件进行操作。
6、必须加强会计档案的保密工作，任何人如有伪造、非法涂改变更、故意毁坏数据文件、帐册、备份磁盘等的行为，将受到行政处分，情节严重者，将追究其法律责任
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