会计电算化备案，是指企业、行政事业单位，在实行以计算机替代手工记账(甩账)前，应到相关财政部门将电子化会计核算数据以及可见性会计文档资料进行检测、备案的过程。
备案，是指人民政府各工作部门、下级行政机关或被法律、法规授权的组织做出具体行政行为或行政管理行为后，将有关的信息予以登记，并以书面或电子行政公文等形式上报本级人民政府、上级主管部门或法律、法规授权的组织备查，以便及时发现和纠正错误的内部行政行为，或行政相对人在事后用书面形式向行政机关提供有关信息情况予以登记备查，并间接对相对人产生法律效果的具有行政管理性质的外部行政行为。
2002年，国务院修正并颁布了1990年出台的《法规、规章备案规定》，彰显了备案的重要性，规范了备案的程序。
会计电算化备案，是指企业、行政事业单位，在实行以计算机替代手工记账(甩账)前，应到相关财政部门将电子化会计核算数据以及可见性会计文档资料进行检测、备案的过程。备案制度是会计电算化实施的重要组成部分，它的作用与意义主要在于通过备案制度，财政部门可以规范会计核算数据格式的标准化，及时纠正单位在会计电算化应用中存在的问题，保证会计核算、管理等工作的正常运行。
制度建设 上海先行
在会计电算化备案制度建设方面，上海市走在了前列。从2002年起，上海市取消了会计电算化应用行政审批制度，改为检测“标准接口”+会计基础工作规范=备案的形式。上海市财政局于2002年发布的《关于本市企业、单位实行会计电算化有关问题的通知》(沪财会[2002]41号)中规定，为转变政府职能、减少行政审批事项，对各企业、单位使用计算机替代手工记账实行备案制，财政部门不再组织验收审批。
对申请会计电算化备案的企业、行政事业单位，“41号文件”从以下几个方面进行了比较详细的规定：会计核算软件;计算机硬件;会计人员从业资格;会计资料的输入、核算和输出;会计电算化内部控制制度及管理制度。在以上几个方面达到要求时，企业可以向财政局申请备案。
申请备案时应具备的资料：填写《上海市单位计算机替代手工记账备案表》，会计科目代码表、会计电算化有关管理制度、人机并行期间套打输出的会计可见性文档抽样资料(包括不同类别的会计机制凭证、现金和银行日记账、某科目的明细账、总分类账)及主要的电子报表一起报送同级财政部门备案。备案通过后，财政部门还要将《上海市单位计算机替代手工记账备案表》同时抄送同级税务部门。
如果单位对已使用的会计软件进行重大修改或升级更新版本，或者对会计电算化工作做出重大调整时，应报同级财政部门备案，同时抄送同级税务部门。
实施过程暴露出的缺陷
随着《会计核算软件数据接口标准》的升级，以及财政部门检测软件的不断优化，各单位所使用软件的缺陷、不符合会计制度规范的操作，在向财政部门申请备案的过程中逐渐显露，主要表现如下：
一是，由于企业会计人员的整体素质等因素，以及手工记账时的不规范方式，不能达到完全使用计算机替代手工记账的工作要求;
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