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事业单位拨入项目款是国家下拨的重要专项资金。拨入项目款是指事业单位收到的财政部门、上级单位或其他单位拨入的，有指定用途、并需要单独报账的专项资金。其性质是从外部取得的、需要单独报账的、且用于专门用途的资金。拨入款的来源渠道比较简单，一般主要有：一是财政机关拨入的专款，如小型农田水利项目费用;二是主管部门或上级单位用非财政补助收入资金拨入的专款，如三峡工程预算拨来的专项资金;三是社会其他单位或个人无偿捐赠的、有指定专门用途的款项，如社会各界群众用于赈灾救助和灾后重建的捐款。对于项目款的管理和使用，应坚持专款专用的原则 ，保证各专项事业的需要。按照规定报送资金支出决算和使用效果的书面报告，接受财政部门或主管部门的检查、验收。
一、事业单位拨入项目款管理和使用的现状
如果事业单位拨入项目款运用合理，则会产生很大的效益，会促进我国经济的快速发展。随着我国经济体制改革的不断深入，事业单位的思想意识不断提高，对拨入项目款的重视程度和管理水平越来越高。目前事业单位拨入款多数直接来自财政拨付，这是为了保证项目的成功，能够体现“集中财力办大事”的思想，取得一定的成果。对事业单位来说，规范的管理环节应包括预算管理、使用管理、决算管理和评价。通过近年来的调查发现，大部分的事业单位已建立了较为完善的管理制度，强化了事前、事中和事后的监督审查，提高了管理和使用的效率。但是一些事业单位在项目款的预算、使用、管理、监督等环节中，还存在不少问题，主要表现在：
1.预算管理
一些事业单位预算编制方法不科学，预算执行缺乏必要的控制和监管。对于拨入项目款，事业单位在预算编制中缺乏科学的规划，不能做到符合实际、科学合理，导致预算编制偏离了实际需求。在拨入款的预算执行过程中，缺乏足够的监督，审批也很随意，这样事业单位就可以随意扩大开支范围，改变专项资金的用途，以各种名义发放奖金或补贴，引发贪污腐败现象，致使预算无法发挥其作用，造成了管理混乱和不必要的浪费，也无法保证专用项目款的足额使用，对项目完成的质量和时间都造成了潜在的风险，造成不良的社会影响。
2.使用管理
在目前的管理中，一些单位的领导者受到传统观念的束缚，没有对项目款管理给予充分的重视，导致制定的制度不能有效实施。一是有的单位没有设立专门的管理岗位，做好人员与岗位匹配，片面地认为拨入款项管理就是财会岗位的职责，忽视了其他各部门的作用;二是有的单位管理手段落后，在财会管理方面信息化程度不高，财会工作繁杂，占用了大量的人力和时间，工作效率低下。三是对拨入款项的使用缺少监督和审查，其资金收支情况可以通过会计处理而挪用转移，使用效果无法准确控制。
3.决算与评价管理
由于事业单位不以营利为目的，所以长期以来其运营效率较低。虽然通过越来越深入的改革，目前已有很大的改观，但是，事业单位仍然缺乏有效的考核手段，无法对项目进行决算和对款项使用情况进行科学的评估。因此，在项目实施过程中，资金不合理收支现象十分严重，容易导致资金的流失或者闲置，降低资金使用效率。很多单位认为把拨入款花完就算完成任务，因此不考虑实际需要，大兴土木，或者大搞形象工程。由于缺乏科学的考核体系，对投入的款项缺乏跟踪机制，很多单位不能及时跟踪掌握资金流向、收支、损益等，使资金使用效率低下，项目建设不能保质保量完成，影响项目的社会效益和经济效益。
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