当前，高等教育体制改革正在深入开展，改革的目标是借鉴西方发达国家高等教育的成功经验，结合我国实际，逐步建立政府宏观管理，学校面向社会自主办学的新体制。新体制的逐步建立，对高校财务管理提出了新的要求，而目前高校财务管理中存在的诸多问题，难以适应新体制的要求，有必要对目前的高校财务管理存在的问题作一分析，并采取措施加以解决，以提高高校自我发展能力。
一、高校财务管理存在的问题
(一)校内财经政策不统一，出现政出多门，缺乏统一规范
一些学校内部在会计核算、财务开支、创收分配等方面的财经政策和制度政出多门，不能协调一致，有的系、处认为下达给本单位的经费指标归属单位所有，因此，擅自提高开支标准，扩大开支范围，甚至审批权限职责不清，截留应缴公款现象时有发生。
(二)财务管理体制不够明确
高校在社会主义市场经济条件下，由过去单纯的教学、科研中心，逐渐转变为教学、科研、技术开发、咨询服务和生产经营等各项活动并举、面向市场经济自主办学的事业法人单位。由于财经工作的多层次、经济利益多元化，财务关系的复杂化，财务管理出现条块分割、多头操作的局面，学校资源配置失调，难以集中学校财力，发挥资金使用效益，从而影响和制约学校各项事业的发展。
(三)对校内各单位会计机构和会计人员管理不到位
各会计机构自成一体，会计信息不畅通。各部门聘用的会计人员素质参差不齐，有些人员业务素质和职业水平偏低，造成学校一级财务部门(如财务处)难以掌握真实有效的会计信息。同时会计信息处理手段落后，会计信息失真。会计核算信息不能及时、准确地反映本部门本单位的财务运行和管理状况，会计职能作用没有得到充分的发挥。目前在校一级财务已基本上实现会计核算电算化，但校内二级核算单位仍以手工系统核算为主，会计信息处理手段落后，有的虽然实现了会计信息电算化，但是学校财务处的财务网络无法覆盖到，会计信息难以共享，不能充分发挥会计信息网络的优势。
(四)会计监督难以体现
《会计法》强调了单位内部监督、社会监督和国家监督三位一体的会计监督体系，而单位内部监督是基础，在实际工作中实施会计监督的主体往往是会计机构和会计人员，会计人员承担着会计核算和会计监督双重任务，而会计人员的自身的利益是与其所属部门结合在一起的，当学校利益与所属部门利益发生矛盾时，会计人员出于自身利益的考虑，很可能只维护部门利益，靠各部门的会计监督显然是十分有限的。
(五)依法理财的观念淡薄
长期以来，人们对会计工作的认识比较片面，认为会计工作不过是记记帐、算算工资、报销等一项非常简单的工作。一些单位负责人认为会计工作与企业经营无关，不重视会计工作，在改善经营管理、进行经济决策中不注意发挥会计的职能作用，一些会计人员也认为自已只要按时记帐、及时上报财务报表就算完成任务。
(六)对高校财务管理体制的改革还不太适应
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