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随着我国高校的不断发展，结算中心所从事的各种经济活动更加频繁。在资金运作过程中，高校结算中心将面临诸多风险。如何对资金运作风险进行全面的防范与控制，保证高校资金运作的安全性和有效性，已经成为高校领导和财务人员亟待解决的问题。这些风险的产生有着深层次的体制和制度等原因。因此，应从战略上重视、从整体上防范。全面构筑财务管理和风险防范的框架，从而降低高校资金运作风险，促进高校教育事业顺利发展。
一、高校资金运作的风险及其成园
(一)高校贷款负债的风险
自1999年以来，高校被扩大招生规模并允许向金融机构贷款。因此，很多高校抓住机遇，成倍扩大高校规模，一次征学校建设用地数千亩。而国家教育投资不能满足高校扩建的要求，巨大的资金缺口只能依靠银行贷款。据资料可知，2005年底，教育部直属的76所高校贷款总额已高达336亿元，贷款均额4.4亿元；而这76所高校的总收入是656.66亿元，校均收入达到8.64亿元。2007年全国高校负债总额达2500亿元，且有扩大趋势。高校贷款尽管给其发展带来了生机与活力，但巨额本息的支付也将使高校面临严峻的还款压力和财务风险。
(二)高校财务状况存在总体失衡的风险
高等院校作为事业单位，其财务状况失衡的表现与企业有所不同，不大可能出现破产的现象，但其流动资金是有可能短缺的，出现不能按时发放教职工工资津贴、日常开支资金严重短缺等现象。
(三)校办企业存在财务风险
我国高校校办企业的主要作用：一是促进科技成果的转化；二是为学校创收，弥补经费不足。然而目前校办企业的经营管理水平远不能与社会上一些企业相比，因此，虽然高校公司较多，但盈利的少，亏损倒闭的多。学校作为校办企业的投资者，对校办企业要负主要责任。一旦校办企业破产，会对学校财务状况造成影响，形成学校财务风险。
(四)国际经济形势所造成的风险
国际及周边国家的经济发展状况对我国经济的重要影响，必将对我国高校的效益和发展产生影响。2009年的国际金融风暴就对我国的高校具有重大影响。面对金融风暴，应扩大或紧缩国外进口仪器设备的购置，减小或避免高校损失，使高校利益最大化。
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